大多數卵泡囊腫并無癥狀，而在手術中或婦科檢查時發現。由于囊腫無內分泌功能且卵巢仍含有足夠的正常卵巢組織，因而多半無月經異常，但偶有部分病例有持續分泌雌激素功能而并發子宮內膜增生，出現月經過多等功能失調性子宮出血癥狀及不孕。由慢性卵巢炎癥引起的多發的小型卵泡囊腫則可有月經過頻等月經障礙表現。

　　囊腫較大時，患者可有病側沉重、不適或隱痛感，亦可發生囊腫的蒂扭轉而腹痛，個別較大囊腫甚至可自發破裂，引起腹腔內出血，與輸卵管妊娠破裂相似。但一般當囊腫生長達一定程度即靜止，自然吸收而消失。