間質性子宮內膜異位癥為內在性子宮內膜異位癥的一種特殊類型，較少見，即異位的內膜僅有內膜間質組織，或子宮內膜侵入肌層后間質組織發展的范圍及程度遠遠超過腺體成分。一般子宮一致性增大，異位細胞散布于肌層或集中在某一區域，色黃，常具有彈性橡皮樣硬度，較肌瘤軟，在切面往往可以看到索狀小蟲樣突起，就可以確立診斷。異位組織亦可向宮腔發展形成息肉狀腫塊，多發性，表面光滑，蒂寬與子宮肌壁有較大面積的直接連系，并可由宮壁向宮腔或沿子宮血管向闊韌帶內突出。向宮腔突出者致成月經過多甚或絕經后流血;向闊韌帶突出者可經婦科雙合診查出。間質性子宮內膜異位癥可有肺播散，甚至在切除子宮數年后還能發生。由于這種特點，有人認為間質性子宮內膜異位癥是低底惡性的肉瘤。