乙肝治療效果不佳的主要原因是誤治、亂治、失治，具體來說主要包括治療方案不正確、適應證篩選不合理、濫用藥物、失去較好治療時機、心理狀態差等。

　　1、治療方案不正確：根據患者病情制定正確的治療方案是取得較好治療效果的關鍵，如果治療藥物及其劑量、療程不恰當，則可能影響抗病毒治療效果。

　　2、適應證篩選不合理：慢性病毒攜帶者、中晚期的肝硬化患者等不適合進行抗病毒治療，如硬性采取抗病毒藥物治療，難以取得療效，且易造成不良反應。而慢性乙肝病毒攜帶者肝功正常、乙肝病毒復制指標陰性的患者盲目治療，也可能影響治療效果。

　　3、濫用藥物：乙肝患者道聽途說，盲目輕信市場上的廣告藥物，濫用藥物，不僅影響日后治療效果，還可能加重肝臟負擔，造成嚴重后果。

　　4、失去較好治療時機：轉氨酶輕度升高、乙肝病毒復制指標呈陽性的患者，沒有及時進行抗病毒治療，直至病情進入肝硬化階段才引起重視，治療效果自然較差。

　　5、心理狀態差：乙肝患者受病情及社會因素印象，很容易引起焦慮不安、驚慌失措、精神易于等不良情緒，容易造成自身免疫功能紊亂，反而加劇了病情。