陣發性房顫往往需要長期服用抗心律失常藥物，治療有效的患者可能會減少發作次數，但房顫本身不會消除還會再次發病。很多患者服用過多種抗房顫藥物但效果不佳。需要注意的是長期服用藥物所致的不良作用，如肝臟毒害、甲狀腺功能亢進或減退、肺臟纖維化、胃腸道反應、眼睛和皮膚損害等。有些患者出現抗心律失常藥物導致的其它嚴重心律失常。有些患者藥物不耐受出現心動過緩而被迫停藥。有些同時合并緩慢性心律失常的病人（稱為病竇綜合征、慢快綜合征）房顫很難用藥物控制，因為藥物會進一步加重心動過緩而出現危險。

持續性房顫和慢性房顫往往需要藥物控制心室率和長期服用抗凝藥物如華法令，但要經常監測凝血指標（INR）進行調整（華法令抗凝作用容易受食物和藥物的影響），劑量小抗凝不足還會有血栓栓塞風險，而抗凝過度又會增加內臟出血和腦出血的風險。

藥物治療是傳統治療，已經經歷了百年，鑒于藥物的有效性及安全性，現在還沒有找到既非常有效又很安全的藥物。因為多年以來沒有找到房顫更好的治療方法，但房顫病人又不能不治療，因此從某種意義上講藥物治療往往是治療的無奈之舉。