生殖器皰疹的病原體是單純皰疹病毒(herpes simplex virus，hsv)。單純皰疹病毒，是dna病毒，人類是單純皰疹病毒的單獨自然宿主。單純皰疹病毒可ⅰ型(hsv-1)及ⅱ型(hsv-2)兩種。兩者的抗原性不同，即說明它們的結構不同，所產生的抗體也是不同的，所以患口角皰疹的并不能對生殖器皰疹有免疫性。hsv-1主要引起口唇部皰疹(俗稱熱瘡)，然而hsv-2主要引起生殖器皰疹，但兩者也可交叉。90%的生殖器皰疹病例由hsv-2型感染引起，只有10%患者是由hsv-1型感染引起。由hsv-1型引起的生殖器皰疹癥狀較輕，易于治療。　　生殖器皰疹組織病理：表皮內水包，系細胞的氣球變性及網狀變性所致;皰內可見棘辰松解細胞及余核上皮巨細胞。真皮乳頭水腫可血管外紅細胞。真皮內程度不等炎癥細胞浸潤。有嗜中性白細胞、淋巴細胞等。　　單純皰疹病毒經皮膚粘膜破損處進入體內，并在表皮或真皮細胞內復制。不論有無臨床表現，單純皰疹病毒將充分復制并感染感覺或自主神經末梢，并由軸索運送到神經節內的神經細胞中。感染初期，單純皰疹病毒在神經節及與之相接觸的神經組織內復制，然后經外周感覺神經移至皮膚粘膜表面而發生皮損。hsv感染往往是全身性的，幾乎所有的內臟和粘膜表層內都可分離到hsv。