2012年9月16日，執行院長李長春、黨委書記李強和院領導組織相關職能科室及部分臨床、醫技科室召開會議，部署第二批搬遷工作。經討論決定，兒內科、新生兒病房、檢驗科、腦科中心(腦內科、腦外科、腦科ICU、肌電圖室、腦電圖室、TCD)、血透室為第二批搬遷科室，按計劃自9月17日-19日，檢驗科搬遷;9月20日兒內科、新生兒病房搬遷;9月23日腦科中心及血透室搬遷;新手術部9月23日試運行，先期開放相關科室擇期手術。

　　9月17日，院長助理孫志慧組織院長辦公室、后勤保障部、保衛部、人力資源部、護理部和物業公司召開協調會，并深入新樓手術家屬等候區、兒科病房、腦科中心、腦科ICU、檢驗科和血透室，實地查看搬遷工作準備情況和搬遷后管理流程。

　　本次搬遷涉及兒內科、新生兒病房、腦科中心、腦科重癥病房及部分手術部，危重病人較多、病情復雜。各相關職能主管部門要協助搬遷科室做好預案及各項準備工作，確保搬遷過程中病人安全、萬無一失。同時要求加強新大樓病房管理，嚴格執行陪人管理制度，特別是加強重癥病人家屬等候區、腦科中心和腦科ICU等特殊區域的陪人管理。做好安全管理，認真查找安全隱患，落實防火、防盜制度，做好控煙管理，營造良好住院環境。