建院初期，國家重點性病疾控中心(解放軍三甲性病醫院) 就被指定為全軍平價醫療試點醫院，醫院的技術水平、醫德醫風、醫療設施在軍內外享有良好的聲譽。 2002－2005年被陜西省衛生廳評為明明白白看病和醫療安全高效的"百姓放心醫院"，2006年被陜西省評為"新型農村合作醫療定點醫院"2007年被總部評為全軍計量先進單位 國家重點性病疾控中心(解放軍三甲性病醫院)非常注重高級技術人才的培養和引進，不斷地將性病領域新的的科研成果運用于臨床，并廣泛地同國內外優秀醫療研究機構開展合作。同時建立系統、全面的專項診療體系，針對個體差異精心為每位患者制定科學規范的診療方案，以"專心、專注、專業"的態度，贏得了患者的良好口碑。