南京市紅十字醫院始建于1946年，前身為國內紅十字會南京診療所。建國前作為南京市單獨面向廣大平民的免費醫療機構，通過國際紅十字會援助和會員特需無償為南京市民提供醫療服務，年門診量僅次于當時的中央醫院，名列全市第二。1958年由市衛生局正式命名為“南京市紅十字醫院”。1997年10月，經國內紅十字會總會批準，命名為“國內紅十字會總會南京醫院”。成為國內第三家總會醫院。2002年經市委、市政府批準，成為南京市惠民醫院。