1、缺乏含胱氨酸的蛋白質時，則半胱氨酸及谷胱甘肽來源減少，使肝細胞內酶的生成及其活性受到影響，肝細胞因而受各種因素的損害而發生變性壞死。

　　2、膽堿是趨脂物質，在肝內能與中性脂肪合成磷脂，使肝內脂肪易于氧化而被利用。如果膽堿或合成膽堿所必需的氨基酸嚴重缺乏，脂肪將堆積于肝細胞內而成為脂肪肝。肝細胞的脂肪變性可降低肝細胞對各種有害因素的抵抗力，也可因細胞體積增大互相擠壓并壓迫肝血竇，逐漸造成缺血、壞死、纖維組織增生直至肝硬化。

　　導致營養不良的原因，除個別患者由于攝入不足外，多數是由于其他疾病限制了食物的攝入和吸收，如小腸旁路手術后。

　　與其他類型肝硬化相同，營養不良性肝硬化形成前先有肝細胞損傷如脂肪變性，相伴的是匯管區和肝小葉內炎性細胞浸潤、肉芽腫形成，以后發展為肝纖維化，與酒精性肝損傷相似，小靜脈周圍肝纖維化是發展為肝硬化的一個標志。肝臟長期反復損害，最終導致肝硬化，整個病變過程及肝臟各期病變特點與酒精性肝損傷相近。