這類患兒下丘腦、垂體無明顯病灶，但GH分泌功能不足其原因不明。其中因神經遞質—神經激素功能途徑的缺陷，導致GHRG分泌不足而致的身材矮小者稱為生長激素神經分泌功能障礙(GHND)由于下丘腦功能缺陷所造成的GHD遠較垂體功能不足導致者為多。

　　約有5%左右的GHD患兒由遺傳因素造成，稱為遺傳性生長激素缺乏(HGHD)，人生長激素基因簇是由編碼基因GH1(GH—N)和CSHP1、CSH1、GH2、CSH2等基因組成的長約55Kbp的DNA鏈，由于GH1基因缺乏的稱為單純性生長激素缺乏癥(IGHD)而由垂體Pit—1轉錄因子缺陷所致者，臨床上表現為多種垂體激素缺乏，稱為聯合垂體激素缺乏癥(CPHD)，IGHD按遺傳方式分為Ⅰ(AR)、Ⅱ(AD)、Ⅲ(X連鎖)三型，此外，還有少數矮身材兒童是由于GH分子結構異常，GH受體缺陷(Laron綜合征)或IGF受體缺陷(非洲Pygmy人)所致，臨床癥狀與GHD相似，但呈現GH無抵抗或IGF—1抵抗，血清GH水平不降低或反而增高，是較罕見的遺傳性疾病。