引起假陽性的因素有：

　　(1)在良性疾病時，如炎癥性疾病會使一些腫瘤標志表達增加。肝臟良性疾病時，AFP、糖鏈抗原(CA19—9)、CEA和腫瘤多肽抗原(TPA)、腎功能衰竭的β2-微球蛋白(β2-MG)及糖鏈抗原(CA15-3)、CA19-9、CEA和PSA水平均會升高。

　　(2)有一些生理變化，如妊娠時AFP、CA125、人絨毛膜促性腺激素(hCG)也會升高。

　　(3)風濕病時CA19-9濃度可增高。另外，臨床發現屢次進行直腸檢查后，PSA和前列腺酸性磷酸酶(PAP)值可升高，因此采血前不應進行直腸檢查。

　　以CEA普查結腸癌為例，由于發病率和靈敏度的影響，每10萬人中假陽性數高達人，而檢查出的結腸癌患者只有26人。顯然，腫瘤標志物不適宜對無癥狀的人群進行普查。當然，有些腫瘤標志物確實可考慮用于高危人群的普查，如在乙肝表面抗原(HBsAg)攜帶者和肝硬化病人中檢測AFP，在疑似絨毛膜上皮細胞癌的患者中測定hCG，在甲狀腺髓樣癌易感家族中檢測降鈣素等。