根據衛生部《抗菌藥物臨床應用指導原則》，抗菌藥物不得用于局部沖洗，慶大霉素不能用于膀胱沖洗。皮膚黏膜局部應用抗菌藥物后，很少被吸收，在感染部位不能達到有效濃度，反易引起過敏反應或導致耐藥菌產生，因此治療全身性感染或臟器感染時應避免局部應用抗菌藥物。抗菌藥物的局部應用只限于少數情況，例如全身給藥后在感染部位難以達到治療濃度時可加用局部給藥作為輔助治療。此情況見于治療中樞神經系統感染時某些藥物可同時鞘內給藥;包裹性厚壁膿腫膿腔內注入抗菌藥物以及眼科感染的局部用藥等。某些皮膚表層及口腔、陰道等黏膜表面的感染可采用抗菌藥物局部應用或外用，但應避免將主要供全身應用的品種作局部用藥。局部用藥宜采用刺激性小、不易吸收、不易導致耐藥性和不易致過敏反應的殺菌劑，青霉素類、頭孢菌素類等易產生過敏反應的藥物不可局部應用。氨基糖苷類等耳毒性藥不可局部滴耳。