橋本氏甲狀腺炎是一種慢性的疾病，是由于甲狀腺功能異常引起的，橋本氏病容易和一些疾病混淆，橋本氏患者會出現粘液性的水腫，很多的人把橋本氏病當成了原發性粘液性水腫，又由于橋本病患者會出現甲狀腺的腫大，被當成了彌漫性毒性甲狀腺炎、青春期甲狀腺腫、局灶性甲狀腺炎。

　　橋本氏病需與原發性黏液性水腫區分：專家指出約有1/5原發性黏液性水腫患者，可觸及質硬的甲狀腺。甲狀腺的病理變化與橋本氏病酷似，血中亦發現有抗甲狀腺自身抗休。因此，有人認為原發性黏液性水腫是橋本氏病的晚期表現。在發病期間由于甲狀腺腫脹程度輕微而被忽視。

　　橋本氏病需與彌漫性毒性甲狀腺炎區分：專家指出部分患者血中含有低效價的甲狀腺自身抗體，另一部分患者的效價很高，病理檢查除呈甲狀腺功能亢進(甲亢)的表現以外，尚有局灶性淋巴性甲狀腺炎的變化。此類甲亢患者手術治療后易并發甲狀腺功能減退(甲減)。災眼癥狀顯著的甲亢，血中自身抗體效價較高。甲亢與橋本氏病兩者之間的關系尚無定論，但這兩種疾病的發病很可能與共同的甲狀腺遺傳缺陷有關。橋本氏病需與青春期甲狀腺腫區分：專家指出青春期甲狀腺腫若不伴有其他異常，一般認為是一種發育過程中的單純性甲狀腺腫。若對此類患者行穿刺活檢，發現部分有甲狀腺腫呈橋本氏病的表現，即所謂“青春期增生型”。患者的父母常有明顯的甲狀腺疾病，血中可查到自身抗體。