接種肝炎疫苗不會引起其他肝炎發生，也不會被傳染上其他疾病。目前的乙肝疫苗都是基因工程疫苗，生產過程中有嚴格的質量標準，不會污染病毒或其它病原微生物，經過臨床觀察是安全可靠的。值得提出的是，使用不合格產品如注射破損、變質疫苗，或注射過程不按無菌要求操作，共用注射器或針頭，可染上肝炎或其他傳染病。還有一部分人原來是隱性傳染者，病毒呈低水平復制狀態，“兩對半”檢查正常，需要用核糖核酸增殖法檢出病毒(HBVDNA陽性)，這種人注射疫苗后不會有表面抗體形成。