1.足夠的療程。支原體和衣原體是細胞內寄生的微生物，對抗生素不如一般的細菌敏感，所以用藥時間應該相對較長，一般為兩周左右。患者較好不要自行盲目購藥服用，這樣可能使病原菌接觸到藥物又沒殺滅而產生耐藥，下次此藥就不管用了。

　　2.較好單一用藥。藥物之間相互作用是復雜多變的。一般來說，除非知道它們之間有協同互補作用，否則不應該同時用兩種以上的藥物來治療非淋菌尿道炎。因為，這樣做常常有害而無益，如藥物之間有相互拮抗作用會降低療效，增加治療的費用，使病原菌對藥物的耐藥菌株增多，從而使進一步治療難度加大。

　　3.重視性伴的檢查和治療。因為各種原因有些人患了性病而不愿意讓家人知道，所以也忽視了對性伴的診斷和治療，從而造成反復的感染，這并不代表治療無效。