菌陰肺結核為三次痰涂片及一次培養陰性的肺結核，菌陰肺結核在診斷上存在一定的困難，易發生誤診，在實際的臨床工作中，因典型結核病臨床表現就診的病人越來越少，大約50%的病人不是因為典型的結核病癥狀就診，其中相當一部分病人是以呼吸系統其它疾病、消化系統、泌尿系統、生殖系統、運動系統等系統的臨床表現就診而檢查被發現的，有的病人根本沒有咳嗽、咳痰的表現，無痰可查。

　　菌陰肺結核的診斷標準為：

　　1、典型肺結核臨床癥狀和胸部x線表現。

　　2、抗結核治療有效。

　　3、臨床可排除其它非結核性肺部疾患。

　　4、Ppd (5TU)強陽性;血清抗結核抗體陽性。

　　5、痰結核菌PCR+探針檢測呈陽性。

　　6、肺外組織病理證實結核病變。

　　7、BALF檢出抗酸分支桿菌。

　　8、支氣管或肺部組織病理證實結核病變。