生殖器皰疹臨床表現中可分為原發和復發兩種。原發指首次感染病毒，一般從接觸到發病約2～10天，也就是潛伏期。患病部位先有燒灼感，很快在紅斑基礎上發生3～10個成群的紅色丘疹，伴有瘙癢，丘疹很快變成小水皰，3～5天后變為膿皰，破潰后形成大片的糜爛和潰瘍，自覺疼痛，最后結痂愈合。整個病程可持續20天左右。男性好發于龜頭、冠狀溝、尿道口、陰莖、陰囊、大腿和臂部等處。女性好發于陰唇、陰阜、陰蒂、肛周或陰道。約90%的病人，病毒可同時侵犯子宮頸，出現陰道分泌物增多或下腹痛，并可并發宮頸炎和子宮炎。大多數男女病人雙側腹股溝淋巴結腫大。后期炎癥波及尿道、膀胱時，可出現排尿困難、尿痛、尿頻、嚴重者可發生尿潴留等現象。此外，還可能有其它癥狀同時出現，如發熱、全身不適、頭痛、頸項強直、腦膜炎和骶部神經系統功能不全。