感染后平均約4～5日，外陰患部先有灼熱感，隨即發生成群丘疹，可為一簇或多簇，繼之形成水皰。數日后演變為膿皰，破潰后形成糜爛或淺潰瘍，自覺疼痛，最后結痂自愈，病程約2～3周。皮損多發于男性的包皮、龜頭、冠狀溝和陰莖等處，偶見于尿道口;女性則多見于大小陰唇、陰蒂、陰阜、子宮頸等處，亦見于尿道口。原發性生殖器皰疹，往往伴有全身不適，低熱、頭痛等全身癥狀，局部淋巴結腫大。該病常復發，復發性生殖器皰疹較原發者輕，損害小，往往無全身癥狀。男性彩虹戀可出現肛門直腸HSV-2感染，其發病率僅次于淋球菌所致的肛門直腸炎，臨床表現為肛門直腸疼痛、便秘、分泌物增加和里急后重，肛周可有皰疹性潰瘍，乙狀結腸鏡檢常見直腸下段粘膜充血、出血和小潰瘍。